Hilfreiche Datenbanken und Plattformen

Das Europäische Genom-Phänom Archiv - EGA - ist die aktuelle europäische Datenbank für die Archivierung von persönlich identifizierbaren genetischen und phänotypischen Daten.

Galaxy ist eine offen zugängliche, web-basierte Plattform um bioinformatische Analysen und Workflows interaktiv auszuführen.

Offene Wissenschaft & FAIR Prinzipien

GHGA folgt den FAIR Prinzipien, die Forschungsdaten findbar, zugänglich, interoperabel und weiterverwendbar machen sollen. Mehr Details zum Thema FAIR Prinzipien, können auf ​​GO-FAIR.org (auf englisch) und auf Forschungsdaten.info (auf deutsch) nachgelesen werden. 

Bioinformatik Workflows

Snakemake & Nextflow sind zwei der beliebtesten Programme für die Implementierung von reproduzierbaren Bioinformatik-Workflows.

Eine Einführung zur Implementierung von Workflows mit Snakemake kann hier gefunden werden zuzüglich begleitender Vorlesungsfolien.

Ein Tutorial im Carpentries-Stil zur Implementierung von Workflows mit Nextflow kann hier gefunden werden. Alternative kann auch das Bioinformatics Workbook zu Rate gezogen werden.

nf-core stellt eine große Auswahl von Workflows für bioinformatische Analysen basierend auf Nextflow zur Verfügung.

Bytesize ist eine englisch-sprachige Video Tutorial-Serie veröffentlicht von nf-core. In diesen Videos werden die verschiedenen Workflows von nf-core im Detail, aber zugänglich für jedermann, behandelt.