GDI veröffentlicht Starter Kit

• 03 Jul 2023

Vollständiger Arbeitsablauf der GDI Starter Kit Benutzerreise. Die gestrichelten Kreise (Benutzerportal: Datenkatalog und Benutzerportal: Zugangsmanagement & LS AAI) sind noch nicht im Starter Kit enthalten.

GHGA begrüßt die Veröffentlichung des GDI Starter Kits. Wir nutzen mehrere der vom Starter Kit bereitgestellten Technologien und werden sicherstellen, dass die von GHGA entwickelten Funktionalitäten wie Identitätsmanagement, Datenzugriff, Speicherung und Verschlüsselung von Daten mit den GDI-Produkten kompatibel sind. Auf diese Weise beabsichtigt GHGA, seine bestehenden Dienste in das GDI-Netzwerk zu integrieren. Mit dem jetzt verfügbaren Starter Kit werden wir in der Lage sein, weitere Produkte von GDI, wie die zur Verfügung gestellten synthetischen genomischen und phänotypischen Daten und den Beacon-Dienst zur Datensuche, für die Entwicklung unserer Infrastruktur zu verwenden.

Das Starter Kit ist ein Paket von Softwareanwendungen und Komponenten, die von den 20 GDI-Knotenpunkten gemeinsam entwickelt wurden und auf Basis offener Community-Standards der Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) entwickelt wurden. Diese wurden speziell auf neue GDI-Knotenpunkte zugeschnitten, die diese während ihrer Anlaufphase verwenden können. Das Starter Kit gibt allen Ländern die technische Möglichkeit, grenzüberschreitend auf synthetische genetische und phänotypische Daten zuzugreifen.

Das Starter Kit enthält mehr als 2 500 synthetische Genom- und Phänotypdaten (u. a. Krebs, seltene Krankheiten und Populationsgenomik) und ermöglicht es Knotenpunkten, rasch ein funktionierendes Pilotsystem als ersten Schritt zu einer Infrastruktur einzurichten. Das Starter Kit steht allen Interessierten frei zur Verfügung. So kann beispielsweise die Industrie das Starter Kit nutzen, um zu verstehen, was das GDI-Projekt vorhat, und ihre Produkte entsprechend gestalten. 

Viele der Produkte des Starterkits sind Open-Source-Softwareprodukte, die als Dienste in nationalen Zentren betrieben werden. LifeScience AAI und Beacon Network werden als Service auf europäischer Ebene für die nationalen Knotenpunkte angeboten.

Das GDI Starter Kit ist ein wichtiges Resultat des Projekts, das Workflows für den föderierten Datenzugang unterstützt. Es wird nicht nur den nationalen Knotenpunkten der GDI zugute kommen, sondern in Zukunft auch öffentlichen Einrichtungen und Unternehmen, die die Softwaretechnologien nutzen können, um die rechtliche, organisatorische, semantische und dienstliche Interoperabilität zu verbessern, indem sie diese Software und Standards in ihre eigene Umgebung integrieren. 

“Das GDI Starter Kit hat für viel Aufregung gesorgt,” sagt Serena Scollen, die GDI-Projektkoordinatorin und Leiterin des ELIXIR-Teams für Humangenetik und translationale Daten, “da es den Grundstein dafür legt, wie die Länder ihre Infrastruktur einrichten können, um sie in die 1+MG-Infrastruktur zu integrieren. In allen 20 Ländern sind bereits Fortschritte zu verzeichnen. Technische Entwicklungen sind in dieser Phase der GDI von größter Bedeutung, um sicherzustellen, dass wir auf dem richtigen Weg sind, um die Infrastruktur zur Unterstützung der Entdeckung, des Zugangs, der gemeinsamen Nutzung und der Analyse von humanen Genomdaten und verknüpften phänotypischen/anderen Daten in großem Umfang bereitzustellen.”

Bei dieser Version handelt es sich um die erste Version des Starter Kits, das während der Laufzeit des Projekts nach einem iterativen Ansatz weiterentwickelt werden soll. Das Starter Kit ist hier verfügbar:

https://github.com/GenomicDataInfrastructure

GDI starter kit authors community