nf-core-Hackathon: Gemeinsame Entwicklung in Heidelberg

Im Rahmen des globalen nf-core  Hackathons hat GHGA ein lokales Event in Heidelberg ausgerichtet. Es brachte Forschende sowie Entwickler*innen für einen Tag kollaborativer Arbeit an bioinformatischen Pipelines zusammen. Die Veranstaltung bot die Möglichkeit, an laufenden Projekten mitzuwirken und gleichzeitig die Vernetzung innerhalb der Open-Science-Community zu stärken.

GHGA unterstützte dieses Event bereits zum dritten Mal. Die aktive Beteiligung an Open Science sowie deren Weiterentwicklung sind zentrale Werte von GHGA. Hackathons schaffen eine Umgebung, in der Teilnehmende mit unterschiedlichen Erfahrungsstufen gemeinsam an Werkzeugen und Workflows arbeiten und damit zu deren kontinuierlicher Verbesserung beitragen können.

Der Fokus des Heidelberger Teams lag in diesem Jahr auf zwei zentralen Tools: der nf-core/variantbenchmarking-Pipeline sowie der GHGA AQuA-Pipeline. Die Ergebnisse waren äußerst erfolgreich. Mehrere bestehende Probleme konnten gelöst werden. Die Projekte wurden deutlich über die ursprünglichen Erwartungen hinaus vorangebracht.

Die Arbeiten an der nf-core/variantbenchmarking-Pipeline erfolgten in enger Zusammenarbeit mit lokalen und online Beitragenden. Dabei wurden neue Benchmarking-Tools sowie nf-tests ergänzt. Zusätzlich wurden Subworkflows und lokale Module an die neue Nextflow-Syntax angepasst.

Die GHGA AQuA-Pipeline ist ein zentrales Quality-Control-Tool innerhalb GHGAs. Die Arbeiten erfolgten überwiegend im Austausch zwischen GHGA-internen Mitgliedern. Im Fokus standen die Weiterentwicklung der QC-Tools sowie der Abschluss der MultiQC-Integration. Darüber hinaus wurden metadata.json-Dateien in standardisierte Samplesheets überführt und mehrere erfolgreiche Testläufe durchgeführt.

Neue Teilnehmende wurden in Nextflow und das nf-core-Framework eingeführt, während erfahrene Mitglieder mit Beiträgen unterstützend zur Seite standen und praxisnahe Einblicke vermittelten. Der informelle Austausch, sei es bei Pizza oder Kaffee, förderte die Vernetzung und brachte Ideen und Kooperationen hervor, die über die Veranstaltung selbst hinausreichen. 

Wir freuen uns bereits auf das nächste Mal.