GHGA beim de.NBI/ELIXIR-Germany Spatial Hackathon

Das starke Wachstum der räumlich aufgelösten Transkriptomik (spatial transcriptomics) verdeutlicht die Bedeutung von Ccommunity-getriebenen Benchmarking-Initiativen. Der de.NBI/ELIXIR-Germany Spatial Hackathon SpaceHack fand vom 11. bis 15. Dezember 2023 statt und brachte Fachleute auf diesem Gebiet zusammen, um an computergestützten Werkzeugen, Referenzdatensätzen und Evaluationsmetriken zu arbeiten. Zwei Mitglieder der GHGA-Arbeitsgruppe ‘Workflows’ nahmen an dieser Veranstaltung teil, um zu den Community-getriebenen Benchmarking-Initiativen wie OMNIBENCHMARK-Plattform beizutragen

Der Schwerpunkt von GHGA während des BioHackathons lag darauf, sich mit Referenzdatensätzen verschiedener Technologien (z.B. Xenium) und Gewebe (z.B. Brustkrebs) auseinanderzusetzen und Evaluationsmetriken zu untersuchen. Dies schließt sowohl etablierte als auch neuartige Metriken mit Fokus auf qualitativer Interpretation ein.

GHGA ist sich der Bedeutung von Community-getriebenem Benchmarking bewusst, und unsere aktive Beteiligung an der OMNIBENCHMARK-Plattform steht im Einklang mit diesem Engagement. Durch die Zusammenarbeit mit anderen Experten wollen wir zur Entwicklung eines robusten Rahmens für die Bewertung von Werkzeugen zur räumlich aufgelösten Transkriptomik beitragen. Die Community konnte während des SpaceHack mehrere Datensätze, Methoden und Metriken implementieren, was in diesen wenigen Tagen einen immensen Erfolg darstellt.

Die Teilnahme des GHGA-Teams am SpaceHack unterstreicht unser Engagement für die Weiterentwicklung der Forschung im Bereich der räumlich aufgelösten Transkriptomik. Durch aktive Mitarbeit an der Initiative für Community-getriebenes Benchmarking förderte das Team Zusammenarbeit, Innovation und die Entwicklung zuverlässiger Tools, von denen Forschende und Wissenschaftler*innen weltweit profitieren werden.