Datenanalyse Tools

Das GHGA Bioinformatik-Team macht stetige Fortschritte in seinen Bemühungen, standardisierte, vergleichbare und reproduzierbare Omics-Workflows für die Forschungsgemeinschaft bereitzustellen. Um die Arbeitsabläufe zu vereinheitlichen, verbessert das Team bestehende Workflows (anstatt einen neuen Prozess zu entwickeln) und arbeitet mit der nf-core Gemeinschaft zusammen, indem es Best-Practice-Analyse-Pipelines zusammenstellt. Im Folgenden stellen wir die Workflow-Veröffentlichungen vor, an denen GHGA beteiligt war.

Wenn Sie gerade anfangen, nf-core-Workflows zu verwenden, empfehlen wir Bytesize  - eine von nf-core veröffentlichte Video-Tutorial-Serie, die die Workflow-Implementierung und nf-core-Workflows in kurzen und leicht verständlichen Videos behandelt!

sarek 3.0

Somatische und Keimbahnvariante-Calling-Methode (GHGA config) - Ein koordinierter Leitfaden für die Ermittlung von Varianten unter Berücksichtigung öffentlicher Ressourcen und Tool-Einstellungen

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nanoseq 3.0

Tool für Long Read Sequencing mit Schwerpunkt auf der Oxford Nanopore Technologie

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DROP

RNA-seq-Analyse für seltene Krankheiten (Forschungsdiagnostik) - Ein Tool für die RNA-seq-Verarbeitung und die Interpretation von Outlier-Erkennung für seltene Krankheiten, das Forscher zu abweichenden RNA-Ereignissen (Spleißen und Expression) führt

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