Während der COVID-19-Pandemie waren deutsche Forschungsgruppen unter den aktivsten Beitragenden zur Erforschung verschiedenster Themengebiete, die mit der Pandemie im Zusammenhang stehen. Um die Speicherung dieser Daten zu demokratisieren und zentralisieren, und um die Kultur des Datenaustauschs weiter voranzutreiben, haben wir CoFGen entwickelt, das Deutsche Datenportal für Funktionale Genomik in COVID-19.
Wir möchten single-cell und bulk RNA-Sequenzierdatensätze und -Analysen von deutschen Forschungsgruppen sammlen und diese für andere Gruppen einfach verfügbar machen, während wir die FAIR-Prinzipien befolgen und DSGVO-Konformität garantieren. Gleichzeitig möchten wir die Erforschung der Auswirkungen von COVID-19 auf das menschliche Immunsystem vorantreiben.
"Wir" sind ein Team am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE) in Bonn und dem LIMES Institut der Universität zu Bonn. Unsere Partner sind das Deutsche Humangenom-Phenomarchiv (GHGA), die Deutsche COVID-19 Initiative (DeCOI), das Lung Biological Network des Human Cell Atlas (HCA) und FASTGenomics (FG).
Die funktionelle Genomik untersucht das Zusammenspiel von Genen, Signalwegen und Genprodukten. Dafür werden Transkriptome, die Gesamtheit der RNA-Moleküle, die zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle oder einem Gewebe exprimiert werden, sequenziert und analysiert. So lässt sich nachverfolgen, welche Gensequenzen zu welchem Zeitpunkt angeschaltet werden und abgelesen werden können.
Im Falle von CoFGen fokussieren wir uns auf Transkriptomdaten, welche zur Erforschung der Immunantwort auf eine SARS-CoV-2-Infektion erhoben wurden. Während im Laufe der Pandemie viele neue Erkenntnisse zur Rolle verschiedener Immunzellen bei der Abwehr von SARS-CoV-2 gewonnen werden konnten, können Transkriptomdaten von COVID-19-Patienten des Weiteren auch auf mögliche Therapieansätze untersucht werden.
Um Daten und Ergebnisse nachvollziehbar zu machen, sammeln wir nicht nur Einzelzell- und Massen-RNA-Sequenzierungsdatensätze, sondern auch Analyseworkflows und speichern sie mit den dazugehörigen Daten. CoFGen soll gemäß der FAIR-Prinzipien den Datenaustausch zwischen Forschern, die sich auf unterschiedliche Aspekte der Immunantwort auf SARS-CoV-2 und COVID-19 konzentrieren, unterstützen und die Forschung auf diesen Gebieten so vorantreiben.
Philip Rosenstiel, Institute of Clinical Molecular Biology, Kiel University and University Medical Center Schleswig-Holstein, 24105 Kiel, Germany
Thomas Ulas, Systems Medicine, German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), Bonn, Germany / PRECISE Platform for Single Cell Genomics and Epigenomics at the German Center for Neurodegenerative Diseases and the University of Bonn, Bonn, Germany
Birgit Sawitzki, Institute of Medical Immunology, Charité – Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany
Jacob Nattermann, Department of Internal Medicine I, University Hospital Bonn, Bonn, Germany / German Center for Infection Research (DZIF), Germany
Yogesh Singh, Institute of Medical Genetics and Applied Genomics, University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076, Tübingen, Germany / NGS Competence Center Tübingen (NCCT), University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076 Tübingen, Germany / Research Institute of Women’s Health, University of Tübingen, Calwerstrasse 7/6, 72076, Tübingen, Germany
Olaf Riess, Institute of Medical Genetics and Applied Genomics, University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076, Tübingen, Germany / NGS Competence Center Tübingen (NCCT), University of Tübingen, Calwerstrasse 7, 72076 Tübingen, Germany
Antoine-Emmanuel Saliba, Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research (HIRI), Helmholtz-Center for Infection Research (HZI), Würzburg, Germany
Leif Erik Sander, Charité - Universitätsmedizin Berlin, Department of Infectious Diseases and Respiratory Medicine, Charité, Universitätsmedizin Berlin, Berlin, Germany/ German Center for Lung Research (DZL), Germany
Alex K. Shalek, Program in Health Sciences & Technology, Harvard Medical School & Massachusetts Institute of Technology, Boston, MA 02115, USA / Institute for Medical Engineering & Science, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Koch Institute for Integrative Cancer Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Ragon Institute of MGH, MIT, and Harvard, Cambridge, MA 02139, USA / Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA / Harvard Graduate Program in Biophysics, Harvard University, Cambridge, MA 02138, USA / Department of Chemistry, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Program in Computational & Systems Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA / Program in Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, MA 02138, USA
Jose Ordovas-Montanes, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA / Program in Immunology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA / Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, Boston Children’s Hospital, Boston, MA 02115, USA / Harvard Stem Cell Institute, Cambridge, MA 02138, USA
Patrick T. Ellinor, The Broad Institute of MIT and Harvard, 75 Ames Street, Cambridge, MA 02142
Nicholas E. Banovich, Translational Genomics Research Institute, Phoenix, AZ, USA
Christoph MuusView, Klarman Cell Observatory, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA, USA / John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, MA, USA
Malte D. Luecken, Institute of Computational Biology, Helmholtz Zentrum München, Neuherberg, Germany
Waradon Sungnak, Wellcome Sanger Institute, Cambridge, UK